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    叶绿体基因组测序与分析

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    我们可以提供:

    1、叶绿体、(动物)线粒体从组织样本抽提、基因组测序到数据分析的全套服务;

    2、承接纯数据分析的个性化数据挖掘项目;

    3、服务到文章发表,售后更有保障;

    4、优质项目可以通过文章合作的方式,享受更优惠的价格。


    一般情况下,二代高通量测序的数据即可有效组装植物叶绿体、动物线粒体基因组至成环的标准,如果特殊样本不易成环,可以首先借助PCR方法辅助成环。对于有特殊要求的客户,可以采用三代+二代测序的方式。


    基础分析

    高级分析

    个性化分析

    数据质控与统计

    基因组圈图绘制

    基因组和CDS碱基组成分析

    基因组组装

    gbk文件生成

    密码子使用偏好性分析

    基因预测


    SSR分析

    Nr注释


    IR区扩张收缩分析

    代谢通路注释与分析


    共线性比较分析

    COG注释


    SNP/InDel分析

    rRNAtRNA预测


    进化树构建分析



    比较基因组圈图绘制



    数据上传NCBI



    送样建议

    送来可以有四种形式,即组织、总DNA、提纯的叶绿体/线粒体DNAPCR扩增产物。不同样品形式送样要求不同,具体要求如下。

    送样标准(Illumina测序

    送样形式

    送样标准(PE文库)

    提纯的cpDNA

    浓度:20ng/μl

    总量:1 μg(单次建库)

    DNA主条带明显,且基因组片段分布在2kb以上

    PCR产物

    PCR产物不需要打断,直接建库测序

    浓度 10ng/μl  总量 1μg(单次建库)

     

    PCR产物需打断成400bp片段建库测序

    浓度:20ng/μl   总量:2μg(单次建库)

    组织样本

    新鲜组织:2g

    提取的组织DNA

    浓度:20ng/μl

    总量:1 μg(单次建库)

    DNA主条带明显,且基因组片段分布在2kb以上

     

    DNA样品送样细节

    1、若样品是提纯的叶绿体/线粒体DNA或组织总DNA,推荐使用高质量的商业化DNA提取试剂盒制备样品,严格按照实验protocol,要求DNA样品的OD260/280=1.8-2.0OD260/230=1.8-2.2,一般地,PE文库构建要求DNA的主峰带明显且片段在2 kb以上PacBio文库要求DNA的主峰带明显且在23 kb以上;

    2、DNA形式的样品确保用Rnase A处理,不存在RNA污染;

    3、对送样形式为提纯的叶绿体/线粒体DNA或组织总DNA的,最好先通过琼脂糖电泳检测,凝胶浓度0.8%,最好使用新制的宽孔凝胶,在新鲜的电泳液中以90 V总电压(约5 V/cm)电泳1小时左右,染色拍照,采用λ DNA/HindIII等较大的DNA Ladder作为marker

    5、样品可以干粉寄送,或者溶于无水乙醇、灭菌TE Buffer或者灭菌去离子水中,要避免反复冻融,干粉或者溶于无水乙醇的可以常温寄送,溶于水溶液的则需干冰或者冰袋运输并选择较快的运输方式;

    6、溶解剂中不能含有不溶解的物质存在,不能有明显的色素污染,不能含有螯合剂(如EDTA)、二价金属离子(如Mg2+Ca2+)、变性剂(如胍盐、苯酚)、去污剂(如SDS)等;

    7、所有样品必须保存在1.5 mL的灭菌离心管中,并在管盖和管壁上做好标记,用封口膜封好管口,仔细填写《样品信息单》,核对保证管壁上的标注与《样品信息单》上的描述一致无误后直接邮寄给我方。